Co myslíte, odpoví nám?

Vážený pane Prof. RNDr. Omare Šerý, Ph.D,

dovoluji si Vás oslovit v souvislosti se zprávami, které proběhly v médiích, že se Vaší laboratoři podařilo osekvenovat novou mutaci viru SARS-CoV-2. Z vyjádření, které uvádíte na Vašich webových stránkách, je zjevné, že jste vysoce odborné pracoviště, které se perfektně orientuje v problematice detekce viru SARS-CoV-2.

Dovolil bych se na Vás obrátit s několika dotazy, které kladu sám sobě a taky nejrůznějším institucím, ale zatím jsem se nedopracoval k odpovědi. Pro Vás, kteří se zabýváte vývojem testů na detekci viru SARS-CoV-2, provádíte jeho další výzkum a jste objeviteli jeho nové mutace, jistě nebude problém tyto dotazy zodpovědět.

1) Z jakého zdroje vycházíte, když považujete virus SARS-CoV-2 za skutečně prokázaný existující patogen? 

Vaše PCR testy používají cílové sekvence, o kterých musíte Vy, jako vědec a odborník, mít 100% jistotu, že náleží viru SARS-CoV-2. Která vědecká publikace podle Vás porkazuje, že genom viru SARS-CoV-2 skutečně existuje a vyskytuje se u živého člověka? GISAID registurje již tisíce nejrůznějších počítačem sestavených “modelů“ tohoto genomu, ale ani u jedné z citovaných prací jsme nenalezli důkaz toho, že by daný genom byl extrahován v celé své délce a např. gelovou elektroforézou změřen, aby bylo možné říct: „tato cca 30 kbp dlouhá RNA se v tomto vzorku skutečně vyskytuje“.

Existuje tisíce řetězců RNA poskládaných pomocí celogenomové sekvenace, ale ani jeden nebyl prokázán a extrahován v celé své délce, v žádné z vědeckých publikací není uvedeno, že by RNA, získaná k sekvenaci, byla získána z izolovaných virových částic, které by neobsahovaly nic jiného, než virovou RNA a virové proteiny. Ani u jedné vědecky publikované práce, která prokazuje existenci viru SARS-CoV-2, není uveden žádný kontorlní experiment, který by doložil, že se genom zkonstruovaný pomocí celogenomové sekvenace pokusili s negativním výsledkem vědci sestavit z odběrů vzorků zdravých lidí s řádným vědecko-metodologickým vyhodnocením. Tímto dotazem mě zajímá, který z doposud publikovaných genomů viru SARS-CoV-2 jste použili pro vývoj Vašich testovacích sad a kde je porkázáno, že se skutečně jedná o v přírodě existující genom, náležící viru SARS-CoV-2 (a případně že způsobuje onemocnění COVID-19).

2) Izolace viru SARS-CoV-2 – zlatý standard

V současné době neexistuje studie, která by dokládala, že při izolaci de novo viru SARS-CoV-2 (2019-nCoV) byla kompletní makromolekula RNA genomu tohoto viru získána ze vzorku od nemocného pacienta z izolované “monokultury“ virových částic SARS-CoV-2, které bylo dosaženo centrifugací se specifickým hustotním gradientem. Celá kompletní makromolekula genomu viru SARS-CoV-2 byla změřena pomocí gelové elektroforézy, která by určila přesný počet bází virového genomu. Takto vyextrahovaná RNA byla osekvenována, aniž by byl řetězec genomu doplňován softwarovými metodami.

Jak je možné prokázat, že sekvence, ze kterých byl sestaven genom viru SARS-CoV-2, patří právě tomuto viru a ne jinému organismu, pokud se ke zpracování a sekvenování používá heterogenní genetický materiál, který obsahuje celou řadu fragmentů nukleových kyselin neznámého původu? Jak je možné pomocí celogenomové sekvenace provést identifikaci nového patogenu aniž by došlo k jeho izolaci a extrakci kompletního genomu s jeho změřením ještě před samotnou sekvenací?

3) Zpětná kontrola PCR

Provádíte zpětnou kontrolu Vámi prováděných PCR testů na průkaz přítomnosti SARS-CoV-2, zda se amplifikované sekvence shodují s cílovými sekvencemi pomocí změření amplikonů gelovou elektroforézou a jejich sekvenací? Pokud ano, jak často a s jakými výsledky?

4) Existuje přímý důkaz o existenci proteinů, které se popisují jako antigeny viru SARS-CoV-2? 

Z literatury je opět známa řada pozorování založených na rekombinantích bílkovinách synteticky vyrobených na základě předpokládané znalosti genomu viru SARS-CoV-2 z celogenomového sekvenování. Existuje doklad o tom, že by tyto bílkoviny byly extrahovány z biologického vzorku nakaženého pacienta včetně řádně provedených kontrolních experimentů?

Vážený pane profesore, budu Vám velmi vděčný za Váš čas a za Vaši odpověď.